链孢霉是黑木耳制种中危害最大，是一种毁灭性的杂菌。目前各地黑不耳栽培主产区，每年发生该杂菌数量逐渐上升，而且国内外没有根治该杂菌的有效药物。一旦大面积发生只能深埋或烧掉，给栽培者带来了巨大的经济损失。
     笔者经多年对链孢霉杂菌的反复研究和防治，总结出一整套防治链孢霉杂菌的有效方法。
1、菌丝培养期间链孢霉的处理方法 
黑木耳菌丝培养期间如大面积污染了链孢霉杂菌，首先快速把培养室内的温度降至19℃以下。门窗封闭必须严密，禁止通风换气，以免加快污染速度。此时按每立方米空间用化学试剂高浓度甲醛10毫升，高锰酸钾5g烟雾熏蒸消毒灭菌。每天一次，连续消毒灭菌5~6天，使菌袋口上部生长的链孢霉孢子穗逐渐萎缩死亡。之后每隔5天按上述方法消毒灭菌一次。在低温条件下使黑木耳菌丝顺利长满料袋。
2、链孢霉污染袋割口出耳的处理方法
把上述防治长满菌丝的栽培袋，摆放在栽培床上。用含量70%的甲基托布津，用量0.1%的溶液均匀地使菌袋喷雾消毒一次，待菌袋药液稍干后，开始割口育耳。割口的刀片应随割口，随沾柴油进行（沾在刀片上多余的柴油摔掉），割口后的菌袋应把原污染链孢霉的一头，摆放在地面上。割口方法及栽培管理按常规进行。通过上述处理，污染链孢霉的菌袋，在出耳率及产量上同正常菌袋没有什么区别。